DRUŠTVO BIOLOGOV SLOVENIJE
Biological Society of Slovenia

 

 

Vsebina (izvlečki)

Pregled številk

11: 1 (1963)    40: 3-4 (1995)    42: 2 (1999)    43: 3 (2000)    44: 1-2 (2001)    45: 2 (2002)    46: 1 (2003)    47: 1 (2004)    47: 2 (2004)    48: 1 (2005)    48: 2 (2005)    49: 1 (2006)    49: 2 (2006)    50: 1 (2007)    50: 2 (2007)    51: 1 (2008)    51: 2 (2008)    52: 1 (2009)    52: 2 (2009)    53: 1 (2010)    53: 2 (2010)    54: 1 (2011)    54: 2 (2011)    55: 1 (2012)    55: 2 (2012)    56: 1 (2013)    56: 2 (2013)    57: 1 (2014)    57: 2 (2014)    58: 1 (2015)    58: 2 (2015)    59: 1 (2016)    59: 2 (2016)    60: 1 (2017)    60: 2 (2017)    61: 1 (2018)    61: 2 (2018)   

Pregled vsebine: letnik 61, številka 2 (2018)


In silico raziskava zunajcelične domene receptorja RAGE v interakciji z A-box in B-box proteina HMGB1


Safa Lotfi, Marzieh Dehghan Shahsaltane

Izvleček

Protein HMGB1 je nehistonski kromosomski protein z dvema funkcionalnima

domenama, A-box in B-box, ki lahko po sprostitvi iz celice deluje tudi kot signalna

molekula in se veže na celično površino preko receptorjev kot je RAGE. HMBG1 se

preko domene B-box veže na zunajcelično domeno RAGE in aktivira signalne poti, ki so

vključene v različna patološka stanja kot so sepsa, rast tumorja in metastaze. Interakcija

rekombinantnega proteina HMGB1 A-box z RAGE deluje antagonistično. V raziskavi

smo preučevali interakcijo ekstracelularne domene (VC1C2) humanega RAGE (hRAGE)

z B-box ter A-box humanega HMHB1 (hHMGB1). Uporabili smo računalniško orodje

HADDOCK, pridobljene rezultate smo analizirali s programoma PyMOL in LigPlot.

Rezultati so pokazali, da B-box in A-box vežeta na različna mesta domene VC1 na

RAGE. Eno od vezavnih mest B-box je pozitivno nabita vdolbina na površini domene

V in je hkrati glavno vezavno mesto za druge RAGE-ligande (Advanced Glycation

End products – AGE). Rezultati raziskave so uporabni za načrtovanje novih zdravil

za zdravljenje bolezni povezanih z interakcijami HMGB1-RAGE, kot sta rak in sepsa.

Ključne besede

humani HMGB1, humani RAGE, računalniški program HADDOCK, rak, sepsa


Toleranca na stres pri treh oportunističnih črnih kvasovkah


Janja Zajc, Cene Gostinčar, Metka Lenassi, Nina Gunde-Cimerman

Izvleček

Mnoge vrste črnih kvasovk lahko preživijo ekstremne razmere in se

hitro prilagajajo novim okoljem. Te lastnosti imajo vlogo pri sposobnosti nekaterih

vrst gliv, da lahko kolonizirajo negostoljubne habitate v notranjosti stavb in povzročijo

(oportunistične) okužbe pri ljudeh. Raziskali smo toleranco na stres treh oportunističnih

črnih kvasovk: poliekstremotolerantnih kvasovk Aureobasidium melanogenum in

Exophiala dermatitidis ter izjemno halotolerantne kvasovke Hortaea werneckii . Vse

tri črne kvasovke uspevajo pri temperaturah, koncentracijah NaCl, pH vrednostih

in koncentracijah H 2 O 2 , ki zavrejo rast mezofilnih vrst. Še več, te vrste lahko v nasprotju

s svojimi bližnjimi sorodniki ne le rastejo, temveč tudi sintetizirajo siderofore

( E. dermatitidis ) in razgrajujejo proteine ( A. melanogenum ) pri 37 °C, kar sta pomembni

lastnosti za patogenezo pri ljudeh. Ti rezultati se skladajo s hipotezo, da je sposobnost

toleriranja različnih okoljskih stresov povezana z oportunističnim značajem gliv. Prav

zato moramo bolje razumeti povezavo med biologijo tolerance na stres črnih gliv in

njihovo sposobnostjo povzročanja bolezni, zlasti zaradi njihove spreminjajoče se

interakcije z ljudmi in njihove porajajoče se patogenosti.

Ključne besede

melanizirane glive, termotoleranca, NaCl, pH toleranca, oksidativni stres, oligotrofizem, proteolitična aktivnost, kapsula


Kombinirana uporaba klorofilnega in fikocianinskega senzorja fluorescence za kvantifikacijo in kvalifikacijo fitoplanktona: uporaba v majhnih vodnih telesih


Tinkara Rozina, Tina Eleršek, Maja Zupančič Justin, Andrej Meglič

Izvleček

Senzorji za merjenje in vivo fluorescence fotosintetskih pigmentov

omogočajo meritve fitoplanktona z visoko časovno in prostorsko ločljivostjo.

Kombinacijo klorofilnega (CHL) in fikocianinskega (PC) senzorja smo uporabili za

kvantitativno in kvalitativno spremljanje fitoplanktona v dveh majhnih vodnih telesih,

Koseškem bajerju in ribniku v Hotinji vasi. Kljub spreminjanju vrstne sestave je ostala

korelacija med signalom CHL senzorja in biovolumnom visoka. Opredelili smo tudi

napake senzorjev. V primeru vodnih teles z visoko koncentracijo zelenih alg je PC

senzor dajal lažen pozitiven signal v velikosti 1 % signal CHL senzorja. S kombinacijo

obeh senzorjev je mogoče odpraviti tudi podcenitev koncentracije cianobakterij, do

katere pride ob uporabi le CHL senzorja.

Ključne besede

mala vodna telesa, alge, cianobakterije, senzorji fluorescence, biovolumen


„Zgolj preseljena“ ali „invazivna“: širjenje alge Aulacoseira ambigua f. japonica iz Azije v Afriko in Evropo


Tina Eleršek

Izvleček

V vodah po vsem svetu najdemo veliko tujerodnih vrst. Za opis organizmov,

ki se širijo, je v uporabi veliko različnih pojmov. Kaže se potreba po opredeliti

enotnega modela ali koncepta, saj je videnje bioloških “invazij” odvisno od perspektive.

Razumevanje invazivnih organizmov je pomembno za biotsko raznovrstnost, znanstveno

politiko in upravljanje z vodami. Med spremljanjem vzorčenja na Slivniškem jezeru

(Slovenija) leta 2016 smo med drugim določili tudi ukrivljeno diatomejo Aulacoseira

ambigua f. japonica Tuji & D.M. Williams. Ta vrsta izvira iz Japonske, kjer je bila

opisana pred več kot 100 leti. Kronologija objavljenih pojavljanj A. ambigua f. japonica

opredeljuje njeno širjenje iz Japonske v Azijo, nato v zahodno Rusijo in Južno

Afriko, zdaj pa v osrednjo Evropo. Ta raziskava vsebuje dodatne dokaze, da se je

A. ambigua f. japonica uveljavila v Evropi (v Sloveniji), podprte s svetlobno mikroskopijo

in vrstično elektronsko mikroskopijo. Gre za prvi kvalitativni in kvantitativni opis

A. ambigua f. japonica v Evropi. Oblika algnih kolonij je lahko pomembna za razlago

ekoloških informacij; v danem primeru so bile v evtrofnem vodnem telesu najdene

spiralne kolonije. Čeprav so ukrivljene celice in kolonije lahko interpretirane tudi

kot (sub)populacije ali morfološke različice, lahko le natančne molekularne študije

razkrijejo, če imajo ti morfotipi taksonomski pomen.

Ključne besede

alge, Aulacoseira ambigua f. japonica, vnesene vrste, invazivne vrste, vrstična elektronska mikroskopija


Vaskularne rastline Naravnega parka Kopački rit (Hrvaška)


Vlatko Rožac, Dragan Prlić, Siniša Ozimec

Izvleček

Naravni park Kopački rit je obsežna poplavna ravnica, ki se nahaja na

severovzhodu Hrvaške, med rekama Donavo in Dravo. Zaradi izjemne biološke in

ekološke vrednosti tega poplavnega območja v srednjem toku reke Donave je območje

od leta 1967 zaščiteno. Naravni park je bil razglašen leta 1999 in od leta 2012 je

območje del prekomejnega biosfernega rezervata UNESCO Mura-Drava-Donava. V

Naravnem parku Kopački rit je bilo zabeleženih 522 vaskularnih rastlinskih taksonov,

ki sodijo v 295 rodov in 96 družin. Seznam temelji na podatkih v literaturi, katerim

smo dodali 114 novih taksonov, ki so bili popisani med florističnimi raziskavami,

opravljenimi od leta 2010 do leta 2018. V prispevku so predstavljene taksonomske,

ekološke in fitogeografske analize. Med taksoni prevladujejo hemikritopiti (39,3 %),

sledijo jim terofiti (23,8 %), geofiti (12,6 %) in hidrofiti (12,5 %). Najštevilčnejši so

evrazijski florni elementi (32,8 %), sledijo kozmopolitske vrste (27,4 %) in evropski

florni elementi (10,7 %). Od 53 zabeleženih alohtonih rastlin je 26 invazivnih tujerodnih

rastlinskih vrst.

Ključne besede

Kopački rit, Donava, flora, biotska raznolikost


Elementna sestava in glivna kolonizacija razpadajočega opada trsta Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud. pri različnih vodnih režimih


Matevž Likar, Nataša Dolinar, Katarina Vogel-Mikuš, Alenka Gaberščik, Marjana Regvar

Izvleček

Razgradnja rastlinskega materiala v presihajočih habitatih kaže lastnosti

razgradnje značilne tako za suha kot vlažna okolja. Namen naše raziskave je bil

primerjati glivne združbe na razkrajajočem rastlinskem materialu glede na vlažnostne

razmere v okolju in oceniti vplive vodnega režima na razgradnjo v kombinaciji z

glivnimi združbami v presihajočih ekosistemih. Na izbranih lokacijah ob Cerkniškem

jezeru, ki so se razlikovale v vodnem režimu, smo spremljali razgradnjo listov in stebel

navadnega trsta ( Phragmites australis ) in ovrednotili razlike v elementni sestavi in

glivnih združbah, ki so se razvile na razkrajajočem rastlinskem materialu. Hidrološki

režim lokacije se je izkazal kot pomemben dejavnik pri oblikovanju glivnih združb

na razkrajajočih listih trsta. Vodni režim je močno vplival na glivne združbe, ki so

imele večjo diverziteto pri stabilnejših razmerah tj. suhih ali potopljenih razmerah

v primerjavi s presihajočimi. Naši rezultati kažejo, da je okolje samo močneje

vplivalo na hitrost razgradnje kot glivna združba, ki se je oblikovala na razkrajajočem

se rastlinskem materialu. Kljub razlikam v glivnih združbah, je elementna sestava

rastlinskega materiala sledila podobnim vzorcem koncentriranja elementov zaradi

razgradnje organske matrice.

Ključne besede

razgradnja opada, glivna združba, elementna sestava, presihajoči habitat, mokrišče


Vpliv selena in joda ter njune kombinacije na razvoj kalic tatarske ajde


Sara Gorše, Aleksandra Golob, Mateja Germ

Izvleček

Tatarsko ajdo ( Fagopyrum tataricum Gaertn) v zadnjem času spet

bolj pogosto sejemo zaradi njenih pozitivnh učinkov za zdravje ljudi. Ajda vsebuje

pomembne vlaknine, vitamine, nekatere minerale ter antioksidativne snovi, kot je rutin.

Kalice so trenutno zelo popularne v prehrani ljudi. Obogatitev kalic s selenom (Se) in

jodom (I) lahko prepreči znake pomanjkanja obeh elementov pri ljudjeh in živalih.

Cilj dela je bil ugotoviti vpliv selenata, (Se(VI)), iodata (I(V)) in njune kombinacije

na morfološke, fiziološke in biokemijske lastnosti kalic tatarske ajde. Semena tatarske

ajde smo izpostavili raztopinam, ki so vsebovale Se(VI) (20 mg/L), I(V) (1500 mg/L)

ali Se(VI) + I(V) (20 mg/L Se(VI) + 1500 mg/L (I(V)). Kalitev in razvoj kalic smo

spremljali v rastnih komorah v dveh ponovitvah. Po treh tednih smo poskus prekinili

in opravili morfološke, fiziološke in biokemijske meritve na kalicah. Semena tatarske

ajde, ki so bila namočena v raztopinah iodata in kombinaciji selenata in iodata, so imela

nižjo kalivost. Obravnavanja niso vplivala na vsebnost klorofila a , antocianov in UV

absorbirajočih snovi. Vsebnost rutina je bila najvišja v kontrolnih kalicah. Glede na

rezultate fizioloških meritev, namakanje smen v raztopinah selenata, jodata ter njune

kombinacije, ni delovalo stresno na kalice.

Ključne besede

tatarska ajda, kalice, selen, jod


Družina Gammaridae (Crustacea: Amphipoda), posebej njena veja Echinogammarus v JZ Evropi. Nadaljnja razjasnitev filogenetskih in taksonomskih odnosov


Boris Sket, Yhonge Hou

Izvleček

Večino taksonov klada Echinogammarus družine Gammaridae smo

uspeli z molekulsko analizo primerno razvrstiti in končno rešiti prekletstva imen

Echinogammarus-Chaetogammarus . Med morfološkimi znaki omogoča velikost

gnatopodov I in II klasifikacijo, ki je dokaj skladna s klasifikacijo po molekulskih

znakih. Izkazalo se je, da razširjenost rodu Homoeogammarus seže od sredozemskih

otokov daleč v Atlantik. Chaetogammarus in Trichogammarus sta člana morfološko

zelo razčlenjene ponto-kaspijske skupine rodov in nista blizu morfološko podobnim

rodovom Echinogammarus, Marinogammarus ali Homoeogammarus . Rodovi Pectenogammarus,

Neogammarus in Laurogammarus so sinonimni s Homoeogammarus .

Na osnovi topotipskih osebkov tipske vrste smo popravili diagnozo rodu Parhomoeogammarus .

Sladkovodne vrste ‘evropskega Eulimnogammarus ’ iz JZ Evrope smo

definirali kot Iberogammarus gen. nov.. Kontinentalne populacije, podobne rodu

Homoeogammarus , vendar molekulsko drugačne, smo definirali kot Dinarogammarus

gen. nov.. Nekateri tukaj definirani rodovi so molekulsko podprti, nekatere je težko

določiti morfološko, vsak zase pa je morfološko enoten; so tudi geografsko definirani.

Vrstno razčlenjen in geografsko zelo razširjen rod Homoeogammarus je težko

definirati le morfološko.

Ključne besede

Amphipoda, Gammaridae, sistematika, molekulska filogenija, biogeografija, novi rodovi


Slovenski simpozij o rastlinski biologiji z mednarodno udeležbo


Špela Baebler

 

© 2003, Društvo biologov Slovenije –
Journal of Biological Society of Slovenia

Zadnja sprememba:
15.3.2010