|
Vsebina (izvlečki)
Pregled številk
11: 1 (1963)
27: 2 (1979)
31: 1 (1983)
35: 1 (1987)
36: 1 (1988)
40: 3-4 (1995)
42: 2 (1999)
43: 3 (2000)
44: 1-2 (2001)
45: 2 (2002)
46: 1 (2003)
47: 1 (2004)
47: 2 (2004)
48: 1 (2005)
48: 2 (2005)
49: 1 (2006)
49: 2 (2006)
50: 1 (2007)
50: 2 (2007)
51: 1 (2008)
51: 2 (2008)
52: 1 (2009)
52: 2 (2009)
53: 1 (2010)
53: 2 (2010)
54: 1 (2011)
54: 2 (2011)
55: 1 (2012)
55: 2 (2012)
56: 1 (2013)
56: 2 (2013)
57: 1 (2014)
57: 2 (2014)
58: 1 (2015)
58: 2 (2015)
59: 1 (2016)
59: 2 (2016)
60: 1 (2017)
60: 2 (2017)
61: 1 (2018)
61: 2 (2018)
62: 1 (2019)
62: 2 (2019)
63: 1 (2020)
63: 2 (2020)
64: 1 (2021)
64: 2 (2021)
65: 1 (2022)
65: 2 (2022)
Pregled vsebine: letnik 61,
številka 2 (2018)
In silico raziskava zunajcelične domene receptorja RAGE v interakciji z A-box in B-box proteina HMGB1
Safa Lotfi, Marzieh Dehghan Shahsaltane
Izvleček
Protein HMGB1 je nehistonski kromosomski protein z dvema funkcionalnima
domenama, A-box in B-box, ki lahko po sprostitvi iz celice deluje tudi kot signalna
molekula in se veže na celično površino preko receptorjev kot je RAGE. HMBG1 se
preko domene B-box veže na zunajcelično domeno RAGE in aktivira signalne poti, ki so
vključene v različna patološka stanja kot so sepsa, rast tumorja in metastaze. Interakcija
rekombinantnega proteina HMGB1 A-box z RAGE deluje antagonistično. V raziskavi
smo preučevali interakcijo ekstracelularne domene (VC1C2) humanega RAGE (hRAGE)
z B-box ter A-box humanega HMHB1 (hHMGB1). Uporabili smo računalniško orodje
HADDOCK, pridobljene rezultate smo analizirali s programoma PyMOL in LigPlot.
Rezultati so pokazali, da B-box in A-box vežeta na različna mesta domene VC1 na
RAGE. Eno od vezavnih mest B-box je pozitivno nabita vdolbina na površini domene
V in je hkrati glavno vezavno mesto za druge RAGE-ligande (Advanced Glycation
End products – AGE). Rezultati raziskave so uporabni za načrtovanje novih zdravil
za zdravljenje bolezni povezanih z interakcijami HMGB1-RAGE, kot sta rak in sepsa.
Ključne besede
humani HMGB1, humani RAGE, računalniški program HADDOCK, rak, sepsa |
Toleranca na stres pri treh oportunističnih črnih kvasovkah
Janja Zajc, Cene Gostinčar, Metka Lenassi, Nina Gunde-Cimerman
Izvleček
Mnoge vrste črnih kvasovk lahko preživijo ekstremne razmere in se
hitro prilagajajo novim okoljem. Te lastnosti imajo vlogo pri sposobnosti nekaterih
vrst gliv, da lahko kolonizirajo negostoljubne habitate v notranjosti stavb in povzročijo
(oportunistične) okužbe pri ljudeh. Raziskali smo toleranco na stres treh oportunističnih
črnih kvasovk: poliekstremotolerantnih kvasovk
Aureobasidium melanogenum
in
Exophiala dermatitidis
ter izjemno halotolerantne kvasovke
Hortaea werneckii
. Vse
tri črne kvasovke uspevajo pri temperaturah, koncentracijah NaCl, pH vrednostih
in koncentracijah H
2
O
2
, ki zavrejo rast mezofilnih vrst. Še več, te vrste lahko v nasprotju
s svojimi bližnjimi sorodniki ne le rastejo, temveč tudi sintetizirajo siderofore
(
E. dermatitidis
) in razgrajujejo proteine (
A. melanogenum
) pri 37 °C, kar sta pomembni
lastnosti za patogenezo pri ljudeh. Ti rezultati se skladajo s hipotezo, da je sposobnost
toleriranja različnih okoljskih stresov povezana z oportunističnim značajem gliv. Prav
zato moramo bolje razumeti povezavo med biologijo tolerance na stres črnih gliv in
njihovo sposobnostjo povzročanja bolezni, zlasti zaradi njihove spreminjajoče se
interakcije z ljudmi in njihove porajajoče se patogenosti.
Ključne besede
melanizirane glive, termotoleranca, NaCl, pH toleranca, oksidativni stres, oligotrofizem, proteolitična aktivnost, kapsula |
Kombinirana uporaba klorofilnega in fikocianinskega senzorja fluorescence za kvantifikacijo in kvalifikacijo fitoplanktona: uporaba v majhnih vodnih telesih
Tinkara Rozina, Tina Eleršek, Maja Zupančič Justin, Andrej Meglič
Izvleček
Senzorji za merjenje
in vivo
fluorescence fotosintetskih pigmentov
omogočajo meritve fitoplanktona z visoko časovno in prostorsko ločljivostjo.
Kombinacijo klorofilnega (CHL) in fikocianinskega (PC) senzorja smo uporabili za
kvantitativno in kvalitativno spremljanje fitoplanktona v dveh majhnih vodnih telesih,
Koseškem bajerju in ribniku v Hotinji vasi. Kljub spreminjanju vrstne sestave je ostala
korelacija med signalom CHL senzorja in biovolumnom visoka. Opredelili smo tudi
napake senzorjev. V primeru vodnih teles z visoko koncentracijo zelenih alg je PC
senzor dajal lažen pozitiven signal v velikosti 1 % signal CHL senzorja. S kombinacijo
obeh senzorjev je mogoče odpraviti tudi podcenitev koncentracije cianobakterij, do
katere pride ob uporabi le CHL senzorja.
Ključne besede
mala vodna telesa, alge, cianobakterije, senzorji fluorescence, biovolumen |
„Zgolj preseljena“ ali „invazivna“: širjenje alge
Aulacoseira ambigua f.
japonica iz Azije v Afriko in Evropo
Tina Eleršek
Izvleček
V vodah po vsem svetu najdemo veliko tujerodnih vrst. Za opis organizmov,
ki se širijo, je v uporabi veliko različnih pojmov. Kaže se potreba po opredeliti
enotnega modela ali koncepta, saj je videnje bioloških “invazij” odvisno od perspektive.
Razumevanje invazivnih organizmov je pomembno za biotsko raznovrstnost, znanstveno
politiko in upravljanje z vodami. Med spremljanjem vzorčenja na Slivniškem jezeru
(Slovenija) leta 2016 smo med drugim določili tudi ukrivljeno diatomejo
Aulacoseira
ambigua
f.
japonica
Tuji & D.M. Williams. Ta vrsta izvira iz Japonske, kjer je bila
opisana pred več kot 100 leti. Kronologija objavljenih pojavljanj
A. ambigua
f.
japonica
opredeljuje njeno širjenje iz Japonske v Azijo, nato v zahodno Rusijo in Južno
Afriko, zdaj pa v osrednjo Evropo. Ta raziskava vsebuje dodatne dokaze, da se je
A. ambigua
f.
japonica
uveljavila v Evropi (v Sloveniji), podprte s svetlobno mikroskopijo
in vrstično elektronsko mikroskopijo. Gre za prvi kvalitativni in kvantitativni opis
A. ambigua
f.
japonica
v Evropi. Oblika algnih kolonij je lahko pomembna za razlago
ekoloških informacij; v danem primeru so bile v evtrofnem vodnem telesu najdene
spiralne kolonije. Čeprav so ukrivljene celice in kolonije lahko interpretirane tudi
kot (sub)populacije ali morfološke različice, lahko le natančne molekularne študije
razkrijejo, če imajo ti morfotipi taksonomski pomen.
Ključne besede
alge,
Aulacoseira ambigua
f.
japonica,
vnesene vrste, invazivne vrste, vrstična elektronska mikroskopija |
Vaskularne rastline Naravnega parka Kopački rit (Hrvaška)
Vlatko Rožac, Dragan Prlić, Siniša Ozimec
Izvleček
Naravni park Kopački rit je obsežna poplavna ravnica, ki se nahaja na
severovzhodu Hrvaške, med rekama Donavo in Dravo. Zaradi izjemne biološke in
ekološke vrednosti tega poplavnega območja v srednjem toku reke Donave je območje
od leta 1967 zaščiteno. Naravni park je bil razglašen leta 1999 in od leta 2012 je
območje del prekomejnega biosfernega rezervata UNESCO Mura-Drava-Donava. V
Naravnem parku Kopački rit je bilo zabeleženih 522 vaskularnih rastlinskih taksonov,
ki sodijo v 295 rodov in 96 družin. Seznam temelji na podatkih v literaturi, katerim
smo dodali 114 novih taksonov, ki so bili popisani med florističnimi raziskavami,
opravljenimi od leta 2010 do leta 2018. V prispevku so predstavljene taksonomske,
ekološke in fitogeografske analize. Med taksoni prevladujejo hemikritopiti (39,3 %),
sledijo jim terofiti (23,8 %), geofiti (12,6 %) in hidrofiti (12,5 %). Najštevilčnejši so
evrazijski florni elementi (32,8 %), sledijo kozmopolitske vrste (27,4 %) in evropski
florni elementi (10,7 %). Od 53 zabeleženih alohtonih rastlin je 26 invazivnih tujerodnih
rastlinskih vrst.
Ključne besede
Kopački rit, Donava, flora, biotska raznolikost |
Elementna sestava in glivna kolonizacija razpadajočega opada trsta
Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud. pri različnih vodnih režimih
Matevž Likar, Nataša Dolinar, Katarina Vogel-Mikuš, Alenka Gaberščik, Marjana Regvar
Izvleček
Razgradnja rastlinskega materiala v presihajočih habitatih kaže lastnosti
razgradnje značilne tako za suha kot vlažna okolja. Namen naše raziskave je bil
primerjati glivne združbe na razkrajajočem rastlinskem materialu glede na vlažnostne
razmere v okolju in oceniti vplive vodnega režima na razgradnjo v kombinaciji z
glivnimi združbami v presihajočih ekosistemih. Na izbranih lokacijah ob Cerkniškem
jezeru, ki so se razlikovale v vodnem režimu, smo spremljali razgradnjo listov in stebel
navadnega trsta (
Phragmites australis
) in ovrednotili razlike v elementni sestavi in
glivnih združbah, ki so se razvile na razkrajajočem rastlinskem materialu. Hidrološki
režim lokacije se je izkazal kot pomemben dejavnik pri oblikovanju glivnih združb
na razkrajajočih listih trsta. Vodni režim je močno vplival na glivne združbe, ki so
imele večjo diverziteto pri stabilnejših razmerah tj. suhih ali potopljenih razmerah
v primerjavi s presihajočimi. Naši rezultati kažejo, da je okolje samo močneje
vplivalo na hitrost razgradnje kot glivna združba, ki se je oblikovala na razkrajajočem
se rastlinskem materialu. Kljub razlikam v glivnih združbah, je elementna sestava
rastlinskega materiala sledila podobnim vzorcem koncentriranja elementov zaradi
razgradnje organske matrice.
Ključne besede
razgradnja opada, glivna združba, elementna sestava, presihajoči habitat, mokrišče |
Vpliv selena in joda ter njune kombinacije na razvoj kalic tatarske ajde
Sara Gorše, Aleksandra Golob, Mateja Germ
Izvleček
Tatarsko ajdo (
Fagopyrum tataricum
Gaertn) v zadnjem času spet
bolj pogosto sejemo zaradi njenih pozitivnh učinkov za zdravje ljudi. Ajda vsebuje
pomembne vlaknine, vitamine, nekatere minerale ter antioksidativne snovi, kot je rutin.
Kalice so trenutno zelo popularne v prehrani ljudi. Obogatitev kalic s selenom (Se) in
jodom (I) lahko prepreči znake pomanjkanja obeh elementov pri ljudjeh in živalih.
Cilj dela je bil ugotoviti vpliv selenata, (Se(VI)), iodata (I(V)) in njune kombinacije
na morfološke, fiziološke in biokemijske lastnosti kalic tatarske ajde. Semena tatarske
ajde smo izpostavili raztopinam, ki so vsebovale Se(VI) (20 mg/L), I(V) (1500 mg/L)
ali Se(VI) + I(V) (20 mg/L Se(VI) + 1500 mg/L (I(V)). Kalitev in razvoj kalic smo
spremljali v rastnih komorah v dveh ponovitvah. Po treh tednih smo poskus prekinili
in opravili morfološke, fiziološke in biokemijske meritve na kalicah. Semena tatarske
ajde, ki so bila namočena v raztopinah iodata in kombinaciji selenata in iodata, so imela
nižjo kalivost. Obravnavanja niso vplivala na vsebnost klorofila
a
, antocianov in UV
absorbirajočih snovi. Vsebnost rutina je bila najvišja v kontrolnih kalicah. Glede na
rezultate fizioloških meritev, namakanje smen v raztopinah selenata, jodata ter njune
kombinacije, ni delovalo stresno na kalice.
Ključne besede
tatarska ajda, kalice, selen, jod |
Družina Gammaridae (Crustacea: Amphipoda), posebej njena veja
Echinogammarus v JZ Evropi. Nadaljnja razjasnitev filogenetskih in taksonomskih odnosov
Boris Sket, Yhonge Hou
Izvleček
Večino taksonov klada
Echinogammarus
družine Gammaridae smo
uspeli z molekulsko analizo primerno razvrstiti in končno rešiti prekletstva imen
Echinogammarus-Chaetogammarus
. Med morfološkimi znaki omogoča velikost
gnatopodov I in II klasifikacijo, ki je dokaj skladna s klasifikacijo po molekulskih
znakih. Izkazalo se je, da razširjenost rodu
Homoeogammarus
seže od sredozemskih
otokov daleč v Atlantik.
Chaetogammarus
in
Trichogammarus
sta člana morfološko
zelo razčlenjene ponto-kaspijske skupine rodov in nista blizu morfološko podobnim
rodovom
Echinogammarus, Marinogammarus
ali
Homoeogammarus
. Rodovi
Pectenogammarus,
Neogammarus
in
Laurogammarus
so sinonimni s
Homoeogammarus
.
Na osnovi topotipskih osebkov tipske vrste smo popravili diagnozo rodu
Parhomoeogammarus
.
Sladkovodne vrste ‘evropskega
Eulimnogammarus
’ iz JZ Evrope smo
definirali kot
Iberogammarus
gen. nov.. Kontinentalne populacije, podobne rodu
Homoeogammarus
, vendar molekulsko drugačne, smo definirali kot
Dinarogammarus
gen. nov.. Nekateri tukaj definirani rodovi so molekulsko podprti, nekatere je težko
določiti morfološko, vsak zase pa je morfološko enoten; so tudi geografsko definirani.
Vrstno razčlenjen in geografsko zelo razširjen rod
Homoeogammarus
je težko
definirati le morfološko.
Ključne besede
Amphipoda, Gammaridae, sistematika, molekulska filogenija, biogeografija, novi rodovi |
|