Izvleček

Masna spektrometrija omogoča hitro in zanesljivo identifikacijo in

karakterizacijo proteinov in peptidov v kačjih strupih. Z vse večjo dostopnostjo transkiptomskih

in genomskih podatkov se veča podatkovna baza proteinskih zaporedij, ki

je ključna za identifikacijo proteinov. Kačje strupe analiziramo z večdimenzionalnim

proteomskim pristopom, poimenovanim »venomika«. Proteine najprej med seboj ločimo

z eno- ali dvo-dimenzionalno gelsko elektroforezo ali s hitro tekočinsko kromatografijo

na obrnjenih fazah. Posamezne proteinske lise oziroma frakcije encimsko razgradimo

in dobljene peptide analiziramo z masnim spektrometrom. Proteine identificiramo s

primerjavo masnih spektrov peptidov s spektri v podatkovni bazi. Visoko zmogljivi

masni spektrometri omogočajo analizo strupov tudi brez predhodnega ločevanja mešanice

proteinov v strupu. Analizirali smo proteinski sestavi (proteoma) dveh evropskih,

medicinsko najbolj zanimiv kačjih strupov, modrasovega ( Vipera a. ammodytes ) in gadovega

( Vipera b. berus ). Modras je najbolj strupena evropska kača. Njen ugriz je sicer

redko smrten, pogosto pa zahteva bolnišnično opazovanje in zdravljenje s protistrupom.

Gad je najbolj razširjena evropska strupenjača, katere ugriz v večini primerov izzove

blažje simptome kot ugriz modrasa. S proteomsko raziskavo smo na molekulskem

nivoju razložili opažene razlike v delovanju obeh strupov. Poleg tega smo analizirali

tudi proteom strupa malega gada ( Vipera ursinii ssp.), najbolj ogrožene evropske kačje

vrste. Za človeka ne predstavlja nobene nevarnosti. V naravi se prehranjuje pretežno

z insekti, medtem ko jih v ujetništvu hranijo z mišmi. Primerjava proteomske analize

strupa kač iz naravnega okolja in strupa kač iz ujetništva je pokazala očitne razlike.

Sestava kačjega strupa je torej pogojena z dieto. Masna spektrometrija je zelo uporabno

orodje tudi pri karakterizaciji protistrupov (antivenomika), za določanje njihove

specifičnosti in nevtralizacijske moči.

Ključne besede

antivenomika, kačji strup, mali gad, masna spektrometrija, modras, navadni gad, proteomika, venomika, Vipera a. ammodytes , Vipera b. berus , Vipera ursinii

Izvleček

Prispevek povzema optične lastnosti različnih struktur nekaterih zelnatih

rastlinskih vrst v podrasti listnatega in mešanega gozda zmernega pasu. Te gozdove zaznamuje

letna dinamika ravni sevanja, ki je povezana z vegetacijskim ciklom gozdnega

drevja. Pozimi in zgodaj spomladi je podrast izpostavljena polnemu sončnemu sevanju,

kasneje pa je sevanje omejeno zaradi olistanja krošenj. Plastičnost optičnih lastnosti

fotosinteznih struktur rastlin v podrasti je neposredno povezana z njihovo strukturno

in biokemijsko plastičnostjo, ki optimizira privzem in rabo energije. Optimizacijo pridobivanja

energije rastline dosežejo tudi s posebnimi prilagoditvami zelenih listov, kot

sta pisanost ( Pulmonaria officinalis , Cyclamen sp.) in antocianska spodnja povrhnjica

( Cyclamen sp.) ter z uporabo drugih struktur poleg zelenih listov za fotosintezo, kot

so podporni ( Hacquetia epipactis ) in čašni listi ( Helleborus sp.). Optične lastnosti teh

struktur so podobne optičnim lastnostim zelenih listov. Razumevanje optičnih odzivov

različnih struktur prispeva k razumevanju delovanja rastlin v podrasti.

Ključne besede

čašni listi, listi, optične lastnosti, podporni listi, podrast, svetlobne razmere, zmerni listopadni gozd

Izvleček

Blagoslovljena voda ima pomembno vlogo v različnih religijah. Uporablja

se pri svetem krstu, za blagoslov ljudi, krajev in predmetov. V katoliških cerkvah se

običajno nahaja v kropilnikih ob vhodu v cerkev. Lahko pa predstavlja tudi vir oportunističnih

patogenov, kot so Pseudomonas aeruginosa , Acinetobacter baumanii in

enterobakterije. Da bi bolje razumeli to tveganje, smo proučili sestavo in protimikrobno

odpornost bakterij v blagoslovljeni vodi kropilnikov in rezervarjev desetih izbranih

katoliških cerkva v Ljubljani (Slovenija). Bakterijska kontaminacija blagoslovljene vode

iz krstilnikov je bila zmerna (10 2 - 10 5 CFU ml -1 ), a za red velikosti do dva višja kot v

rezervarjih, verjetno zaradi pogostega pomakanja prstov vernikov v vodo kropilnika

ob vstopu in izstopu iz cerkve. Nekateri bakterijski rodovi/vrste so se pojavili le v

kropilnikih ( Acinetobacter beijerinckii , A. haemolyticus , Brevundimonas aurantiaca , B.

mediterranea , Delftia, Kocuria , Sphingobacterium , Staphylococcus warneri ), izoliranih

pa je bilo le nekaj fekalnih indikatorskih bakterij. Izolirane bakterije imajo razmeroma

nizek patogeni potencial, nekatere med njimi so kožni komenzali. Bakterijski sevi v

tej študiji so bili občutljivi proti antibiotikom. Čeprav je potencial blagoslovljene vode

za širjenje bakterijskih okužb glede na naše rezultate majhen, lahko tveganja dodatno

zmanjšamo z redno menjavo vode, s temeljitim čiščenjem kropilnikov in s preprečevanjem

vnosa vode v oči, njenega zaužitja ter aerosolizacije in vdihavanja.

Ključne besede

bakterije, blagoslovljena voda, kropilniki, NaCl, odpornost proti antibiotikom, patogeni, rimskokatoliške cerkve

Izvleček

Za filogenetske študije prokariontov velja, da je izbira genov, ki niso bili

horizontalno preneseni, zahtevna naloga. Notranji prepisani vmesnik ribosomskih genov

(16S–23S ITS), geni mikrocistin sintetaze ( mcy ), nitrogenaze ( nifH ) in fikocianinski

medgenski vmesnik ( PC-IGS ) so med najpogosteje uporabljenimi označevalci pri cianobakterijah.

Območje ribosomskih genov velja za stabilno, medtem ko so zaporedja

nifH , mcyG in PC-IGS lahko bila prenesena s horizontalnim genskim prenosom. Da

bi raziskali pojav horizontalnega prenosa nifH , mcyG in PC-IGS, smo ustvarili filogenetska

drevesa sevov Ay1375 in Me1355 vrste Aliinostoc ter jih med seboj primerjali.

Filogenetska drevesa na podlagi označevalcev so bila večinoma skladna za PC-IGS in

niso razkrila morebitnih horizontalnih genskih prenosov, kar kaže na skupno evolucijsko

zgodovino med ribosomskimi in fikocianinskimi geni. Primerjava filogenetskih dreves,

pridobljenih na podlagi gena nifH s filogenetskimi drevesi, pridobljenimi na podlagi

gena za 16S rRNA, je razkrila neskladja. Naši rezultati tako nakazujejo, da je bil nifH

prenesen iz ene cianobakterije v drugo s horizontalnim genskim prenosom. Poleg tega

se nizko razmerje med nesinonimnimi/sinonimnimi mutacijami (Ka/Ks), ki smo ga

razkrili v študiji, sklada s starodavnim izvorom gena mcyG .

Ključne besede

16S–23S ITS, cianobakterije, horizontalni genski prenos, molekularna filogenija, fikocianin, ribosomski geni